В русских писцовых книгах исходное финно-угорское «Муя» зафиксировано как «Мья», а в дальнейшем трансформировалось в более привычное для русского слуха «Мойка». Первые официальные упоминания этого названия относятся к 1726 году, хотя ещё в 1719-1797 годах река носила название «Мья».

По указу Петра I в 1704 году начались активные гидротехнические работы на «обжитой и выгодно расположенной мызе» шведского майора Эриха Бернгарда фон Коноу, где царь планировал обустроить свою летнюю резиденцию - будущие Летний дворец и Летний сад.

Одной из первоочередных задач стало перекрытие Фонтанки плотиной, что было осуществлено в 1705 году. Но этот шаг, а также последовавшее за ним наводнение 1708 года, окончательно заболотили исток Мойки. Поэтому в 1711 году, когда развернулись работы по восстановлению естественного протока, река Мойка уже воспринималась первыми жителями как «проистекающая откуда-то из болот, окруживших Летний сад с запада и юга».

Первый историк Петербурга Богданов так описывал преображение Мойки: «Сия реки от прежней ее нечистоты, понеже она была глухой протокой, себе сквозного течения не имела, вычищена до настоящей глубины и сваями обита на подобие канала, в коем ныне вода глубиной довольна, что иные по ней всякие суда с великим грузом ходят свободно и сию реку более может всяк почесть за нарочно сделанный канал.»